Tidak ada ukuran pasti tentang pengertian mamalia besar. Tapi disini kami memasukkan beberapa jenis mamalia yang ada di Taman Nasional Baluran yang termasuk dalam kategori mamalia besar yaitu Banteng Jawa (Bos javanicus), Rusa Timor (Cervus rusa), Kerbau Liar (Bubalus bubalis), Babi Hutan (Sus scrofa), Anjing Hutan (Cuon alpinus) dan Macan Tutul (Panthera pardus).

Secara umum populasi mamalia besar di Taman Nasional Baluran beberapa tahun terakhir mengalami penurunan yang cukup mengkhawatirkan, terutama Banteng Jawa, Kerbau Liar dan Babi Hutan. Sedangkan untuk Rusa Timor meskipun mengalami penurunan jumlah populasi (sensus terakhir tahun 1997 berjumlah 4036 ekor) tetapi masih berada dalam kondisi yang tidak terlalu mengkhawatirkan. Keberadaannya masih bisa dipantau dengan sangat mudah di sekitar savanna Bekol serta temuan jejak dan kotoran yang masih cukup banyak ditemukan di dalam kawasan.

Sedangkan untuk predator Anjing Hutan dan Macan Tutul, meskipun belum ada sensus yang menyeluruh, namun berdasarkan catatan perjumpaan baik langsung maupun tidak langsung diperkirakan jumlahnya masih tergolong aman (sebagai predator).

Berdasarkan catatan perjumpaan yang dikumpulkan oleh petugas lapangan di Taman Nasional Baluran diketahui bahwa jumlah Anjing Hutan dalam satu kelompok bisa mencapai 36 ekor.

Tabel 8. Frekuensi Perjumpaan Ajag Tahun 2004 – 2008

No	Tahun	Frekuensi perjumpaan	Jumlah (ekor)
1	2004	17	1 – 36
2	2005	2	3
3	2006	12	1 – 30
4	2007	4	1 – 8
5	2008	9	1 – 21

Banteng Jawa, yang juga merupakan flagship Taman Nasional Baluran mengalami penurunan jumlah populasi mulai tahun 2003

Berikut tabel dinamika populasi Banteng Jawa sejak tahun 1997- sampai 2007 yang dirangkum dari berbagai kegiatan survey

Banteng Jawa	Tahun
	1997*1	1998*2	2000 *3	2002 *4	2003*5	2005*6	2006 *7	2007*8
Populasi	282	115	219 – 267	81 – 115	21	28 – 47	CC : 15 JK : 12	34

Keterangan :
*1: Menurut TN Baluran (1997),   metode sensus dengan Line Transect Sample Count, dengan 16 transect. Dilaksanakan pada bulan Nopember (musim hujan). 
*2: Menurut Andik Purwanto (1998) dalam Skripsinya, metode pengamatan terkonsentrasi di sumber air dan savana bekol (200 Ha), dengan 5 kali ulangan, jam pengamatan 05.00 – 18.00.
*3: Menurut TN Baluran (2000), metode sensus dengan Consentration Count, dengan sumber air/kubangan  tempat minum satwa. Pengamatan selama 3 hari (3 kali ulangan), periode pengamatan pukul 16.00 – 06.00 serta melibatkan sejumlah 50 personil pengamat (rata-rata 2 pengamat per titik). Jumlah titik pengamatan 24 buah, tersebar di Wilayah Bekol : 16 titik, Pandean : 3 titik, Karangtekok : 5 titik. Sedangkan jumlah titik pengamatan yang ditemukan satwa target (banteng dan kerbau liar) adalah; wilayah bekol : 15 titik, Pandean : 2 titik dan karangtekok : nihil.
*4: Menurut TN Baluran (2002), metode Consentration Count, dengan sumber air/kubangan tempat minum satwa. Pengamatan selama 4 hari (4 kali ulangan), periode pengamatan pukul 17.00 – 05.00. Jumlah titik pengamatan 13 buah, melibatkan sejumlah 26 personil pengamat (rata-rata 2 pengamat per titik).
*5: Menurut TN Baluran (2003), sensus dilaksanakan dengan metode Jelajah kawasan dan Consentration Count (7 titik konsentrasi).
*6: Menurut TN Baluran (2005), Hasil perkiraaan dari jejak satwa. Metode Jelajahan kawasan dengan pengamatan identifikasi jejak di sumber air sepanjang perengan – batu hitam, bama (15 sumber air) selama 5 kali ulangan dan  sepanjang sungai Bajulmati (3 jalur pengamatan).
*7: Menurut TN Baluran (2006), metode Consentration Count (CC) di sumber air/kubangan tempat minum satwa (3 kali ulangan) dan Jelajahan kawasan (JK) di sepanjang sungai Bajulmati (1 kali ulangan). Periode pengamatan terkonsentrasi pukul 17.00 – 05.00. Jumlah titik pengamatan 11 buah, melibatkan sejumlah 22 personil pengamat.
*8: Menurut TN Baluran (2007), metode Consentration Count (CC) di sumber air/kubangan tempat minum satwa (3 kali ulangan), pengamatan terkonsentrasi pukul 17.00 – 05.00. Jumlah titik pengamatan 15 titik di kubangan dan 2 titik di tepi sungai dan Jelajahan kawasan (JK) di sepanjang sungai Bajulmati (1 kali ulangan).

Beberapa factor penyebab turunnya populasi Banteng Jawa di Taman Nasional Baluran adalah

• Menurunnya persediaan air minum, terutama ketika memasuki musim kemarau.
• Perubahan habitat (cover ground dan feeding ground) yang diakibatkan oleh invasi Acacia nilotica.
•  Aktifitas manusia di dalam kawasan dalam jumlah besar dan berlangsung dalam waktu yang lama seperti aktifitas pembasmian akasia, pengambilan hasil hutan baik kayu maupun bukan kayu.
• Perburuan liar yang dilakukan dengan berbagai cara mulai dari senjata api, jebakan seling (kawat besi) dan racun.
• Predator, yang lebih banyak ditemui adalah Anjing Hutan.

Tidak jauh berbeda dengan nasib Kerbau Liar yang juga mengalami penurunan populasi yang cukup signifikan terutama sejak diadakan penjarangan pada tahun 1985-1989. 

Berikut tabel trend populasi Kerbau Liar sejak tahun 1941 sampai 2006

Kerbau Liar	Tahun
	1941/48/52/68	1980 *1	1996	1997	2000*2	2001*3	2006*4
Populasi	+ 100 *3	343	248 – 441	226	48-64	19-29	11

Keterangan

*1: Menurut Ammar (1984)

*2 : Sensus metode Consentration Count, dengan sumber air/kubangan tempat minum satwa. Pengamatan selama 3 hari (3 kali ulangan), periode pengamatan pukul 16.00 – 06.00 serta melibatkan sejumlah 50 personil pengamat (rata-rata 2 pengamat per titik). Jumlah titik pengamatan 24 buah, tersebar di Wilayah Bekol : 16 titik, Pandean : 3 titik, Karangtekok : 5 titik. Sedangkan jumlah titik pengamatan yang ditemukan satwa target (banteng dan kerbau liar) adalah; wilayah bekol : 15 titik, Pandean : 2 titik dan karangtekok : nihil.

*3: Metode Consentration Count, dengan sumber air/kubangan tempat minum satwa. Pengamatan selama 4 hari (4 kali ulangan), periode pengamatan pukul 17.00 – 05.00. Jumlah titik pengamatan 13 buah, melibatkan sejumlah 26 personil pengamat (rata-rata 2 pengamat per titik).

*4:  Metode Consentration Count di sumber air/kubangan tempat minum satwa (3 kali ulangan) dan penjelajahan kawasan di sepanjang sungai Bajulmati (1 kali ulangan). Periode pengamatan terkonsentrasi pukul 17.00 – 05.00. Jumlah titik pengamatan 11 buah, melibatkan sejumlah 22 personil pengamat.

Tipe habitat di Taman Nasional Baluran yang sangat beragam yang terbentang mulai dari lahan basah di sepanjang pesisir pantai, savanna dan hutan musim yang kering, sampai hutan hujan yang lebat di Gunung Baluran menyebabkan komposisi burung yang ada di Taman Nasional Baluran sangat bervariasi mengikuti tipe habitat yang ada.

Terhitung berdasarkan survey yang dilakukan oleh Taman Nasional Baluran, jumlah burung yang ada terdiri dari 16 ordo, 57famili dan 179 spesies (lihat checklist). Dari jumlah tersebut, 47 diantaranya termasuk jenis terancam punah di dilindungi oleh undang-undang (UU no.5 tahun 1990 dan PP no. 7 tahun 1999).

Di sepanjang pesisir Taman Nasional Baluran beberapa jenis khusus antara lain Cangak Laut (Ardea sumatrana), Cangak Abu (Ardea cinerea), Bangau Tong-tong (Leptoptilos javanicus), Rajaudang Biru (Alcedo coerulenscens), Gajahan Pengala (Numenius phaeopus), Trinil Pantai (Actitis hypoleucos), Kuntul Karang (Egretta sacra), dan Wiliwili Besar (Esacus neglectus) yang hanya ditemukan di sekitar pantai Bilik-Sijile. Julang Emas (Rhyticeros undulates) sering dijumpai di hutan pantai di sekitar Blok Manting sampai Popongan, Blok Batuitem di pagi hari hari sampai sore dan setelah itu dia terbang kea rah barat menuju gunung.

Lebih jauh ke tengah perairan, jenis-jenis dara laut sering ditemukan pada musim migrant dengan jumlah lebih dari 25 ekor dalam satu kelompok. Di Baluran terhitung terdapat tiga jenis dara laut yaitu Daralaut Jambul (Sterna bergii), Daralaut Tengkuk-hitam (Sterna sumatrana) dan Dara Laut-biasa (Sterna hirundo).

Elanglaut Perut-putih (Haliaetus leucogaste) beberapa kali terlihat terbang rendah di sekitar pantai Gatel, Perengan dan Bama. Dia memiliki sarang permanen yang ditemukan di atas menara listrik di daerah savanna Watu Numpuk. Burung ini juga sering terlihat di pantai Pandean.

Lebih ke dalam pada tipe vegetasi hutan musim. Hutan musim di Taman Nasional Baluran terdiri dari dua tipe yaitu hutan musim dataran rendah dan hutan musim dataran tinggi.

Di hutan musim, hampir semua jenis burung di Taman Nasional Baluran ditemukan bahkan untuk jenis-jenis yang paling jarang terdapat disini. Serindit Jawa (Loriculus pusillus) adalah contoh burung yang menurut refrensi hanya ditemukan di hutan hujan namun ditemukan di hutan musim Baluran. Menurut catatan, burung ini hanya terpantau sekali disebabkan karena jumlahnya yang sangat jarang juga karena warna bulunya yang hampir seluruhnya hijau dan pola perilakunya yang suka “mengendap-endap” dan acak membuat burung ini sering terlewatkan oleh banyak pengamat burung. Jenis-jenis lain yang tergolong susah ditemukan (terpantau) antara lain Kadalan Birah (Rhamphococcyx curvirostris), Kadalan Kembang (Zanclostomus javanicus), Elangalap Jambul (Accipiter trivirgatus), Alapalap Kawah (Falco perigrinus), Elang Buteo (Buteo buteo) Punai Siam (Treron bicincta) yang menurut McKinon hanya ditemukan di Baluran dan Bali dan tentunya jalak putih (Sturnus melanopterus). Di Baluran Jalak Putih beberapa kali terpantau di curah udang (antara Bekol-Bama), sekali di Lempuyang, Ketokan Kendal, Curah Oling dan tidak jauh dari evergreen forest.

Tanah yang berwarna hitam yang meliputi luas kira-kira setengah dari luas daratan rendah ditumbuhi savanna. Pada tipe vegetasi ini jenis-jenis lain yang kerap terlihat antara lain Apung Tanah (Anthus novaseelandiae) Srigunting Hitam (Dicrurus macrocercus), Merak Hijau (Pavo muticus), Ayamhutan Hijau (Gallus gallus), beberapa jenis Layang-layang Hirunso sp, Elangular Bido (Spilornis cheela), Elang Brontok (Spizaetus cirrhatus) dan Bentet Kelabu (Lanius schach). Bangau Tong-tong dan Bangau Sendang-lawe (Ciconia episcopus) juga beberapa kali terpantau di sini. Merbah Cerukcuk, Cucak Kutilang dan beberapa jenis punai lebih suka berkunjung di daerah ekoton antara savanna dan hutan musim.

Di daerah gunung Baluran, jenis tanah yang tersusun dari batuan vulkanik intermedia menciptakan hutan hujan yang hijau sepanjang tahun. Pada daerah ini terdapat beberapa jenis yang selama survey tidak ditemukan di tempat lain seperti Elang Jawa (Spizaetus bartelsi), Takur Tenggeret (Megalaima australis), Cucak kuricang (Pycnonotus atriceps), Munguk Loreng (Sitta azurea) Empuloh Jenggot (Criniger bres) Pelanduk Semak (Melacocinda sepiarium) Sikatan Dada-merah (Ficedula dumetoria) dan Uncal Kouran (Macropygia ruficeps).